O pontífice deixou o país no dia 26 rumo ao Vaticano, encerrando sua visita de quatro dias ao país. Bispos católicos se despediram do pontífice no aeroporto de Haneda, em Tóquio. A visita de Francisco ao Japão foi a primeira de um chefe da igreja católica em 38 anos. Ele visitou as cidades de Nagasaki e Hiroshima, onde renovou seus votos em prol da abolição de armas nucleares. O papa descreveu o emprego e a posse de armas nucleares como algo ”imoral”; e um obstáculo para o desarmamento nuclear global. Francisco exortou as pessoas a adotarem medidas concretas visando construir um mundo livre de armas nucleares.